短程分子蒸馏器是在远低于沸点的温度下进行操作的：
短程分子蒸馏器在特定的温度下运行其压力越低所产生的气体分子的平均自由的程度就会越大，分子蒸馏的蒸发空间的压力低的时候其冷凝表面就会靠近蒸发的表面。从蒸发表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子进行碰撞，设备可以直接符合其冷凝表面而冷凝，设备中分子蒸馏是一种特定的液，不同于传统的蒸馏依靠其沸点差来分离。
短程分子蒸馏器运行的过程中其液体混合物会沿着加热板的流动被加热，由于其轻重分子的自由程度不同，所以其不同物质的分子从液面逸出后移动距离不同。要是能恰当的设置在一块冷凝板上，其轻分子符合冷凝板被冷凝排除，这样重分子达不到冷凝板沿着混合排出，这样可以在一些情况下实现其物质分离的目的。
短程分子蒸馏器得温度越低其分子蒸馏是在远低于沸点的温度下进行操作，只要存在温度差就可以 符合其分离的目的，这就是常规蒸馏和分子蒸馏的本质的区别。它的真空度比较高，其里面可以获得比较高的真空度，通常情况下分子蒸馏在低的压强下进行操作，所以物料是不易氧化受损的，物料受热时间短，在蒸馏温度下停留时间一般。
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