分子蒸馏是一种在高真空下操作的蒸馏方法，这时蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离，从而可利用料液中各组分蒸发速率的差异，对液体混合物进行分离。
分子蒸馏是一种特殊的液--液分离技术，在真空状态下，使蒸气分子的平均自由程大于蒸发表面与冷凝表面之间的距离，从而可利用料液中各组分蒸发速率的差异，对液体混合物进行分离。
首先，薄膜蒸发器和旋蒸一样都属于长程蒸馏，一般都是在沸点温度下进行。分子蒸馏设备则是通过分子的平均自由程来进行分离，属于短程蒸馏。这是两者大的区别。因为分子蒸馏的操作温度要远远低于物料的沸点。所有更适合沸点高的物料和热敏性物料。
其次，常规蒸馏一不留神的话就容易出现鼓泡、沸腾等不良现象，这当然不会在分子蒸馏过程中出现，因为它是液膜表面的自由蒸发，操作压力一般都很低，受热时间也比较短。总的来说，常规蒸馏的蒸发和冷凝是可逆过程，液相和气相之间处于动态相平衡;而分子蒸馏过程中,分子从加热面逸出的分子直接飞射到冷凝面上，所以对它来说没有限制。
分子蒸馏的使用注意事项：
1.各效分离器的液面需要严格控制，使其处于工艺要求的适宜位置。
2.在蒸馏容易析出结晶的物料时，管路、板式蒸发器、阀门等部位易发生结垢堵塞现象。因此需定期用水冲洗保持畅通，或者采用真空抽位等措施补救。
3.装置仪表需要经常调校，使其灵敏可靠。如果发现仪表失灵，要及时查找原因并处理。
4.设备、管路需要经常进行严格检查、探伤，特别是视镜玻璃要经常检查、适时更换，以防因腐蚀造成事故。
5.检修设备前，要泄压泄料，并用水冲洗降温，去除设备内残存的腐蚀性液体。
6.操作、检修人员应穿戴好防护衣物，避免热液、热蒸汽造成人身伤害。
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